Il n'y a pas de doute que la véritable vocation inspirée par la vie exemplaire de Fra Gérard, et l'influence internationale ainsi que le prestige atteint par Raymond du Puy, ont été les principales causes déterminantes dans le fait que, dès l'année 1170, le roi de Pologne autorisa la création d'une Commanderie de Saint-Jean dotée d'un hôpital et une chapelle.

Toujours sous la protection des Rois polonais, d'autres commanderies émergèrent dans divers lieux tels que Svernik-Starolessve (propriété de la famille Montmorency de Ligny-Luxembourg), Ostrog (propriété de la famille Ostrogski), etc. qui est devenu après 1310 le Prieuré de Pologne.

En 1609, le Prince Janusz Ostrogski, propriétaire et Commandant héréditaire de la Commanderie de son nom, dernier de la lignée de la dynastie Ruridik, légua sa fortune à ce vaste Prieuré Autonome et à la Commanderie Héréditaire.

En 1711, le Roi Stanislas I et Grand Maître Raymond Perellos signèrent un accord en réaffirmant l'existence du Prieuré Autonome de Pologne.

Ce prieuré avait comme caractéristiques particulières que les Commandants et les Chevaliers n'étaient pas tenus d'observer le célibat et que les étrangers pourraient être reçus dans ce Prieuré, "Suo Jure", en tant que Chevaliers de l'Ordre.

L'invasion de la Pologne, et la partition qui s'en suivit de son territoire, plaça sous contrôle Russe une grande partie des propriétés du Prieuré. Pour défendre les droits de l'Ordre, les négociations ont commencé à la Cour Impériale de Russie avec la Grande Catherine, en tant que ministre de l'Ordre Bailiff Comte Julius Renatus Litta.

Une décision du 17 Décembre 1899, du Tribunal civil de Saint Petersbourg, reconnaît les droits héréditaires de la Commanderie de Svernik-Starolessve de l'Ordre de Saint-Jean de Jérusalem, dit de Malte, en la personne de R.H. & I.H. Prince Nicolas de Ligny-Luxembourg comme le dernier enfant de la Maison de Ligny-Luxembourg.

En Janvier 1797, l'Ordre a été reconnu en Russie par une convention signée à Saint-Pétersbourg entre le Tsar Paul Ier et le Grand Maître de Rohan. Les termes de la convention ont été ratifiés en Août 1797. Etant le Grand Maître successeur de Rohan, Fra Ferdinand von Hompesch, conféra au Tsar le titre de Protecteur de l'Ordre. En Décembre 1797, le tsar Paul Ier de Russie accepta lors d'une cérémonie solennelle cette nouvelle dignité.

Les représentants du Prieuré autonome de la Pologne qui n'a jamais cessé d'exister, ainsi que des représentants d'autres Prieurés et Commanderies Héréditaires, se réunirent aux Etats-Unis d'Amérique au cours de 1908, et en présence des Commandants Héréditaires décidèrent d'organiser une assemblée des Prieurés Autonomes. Un tel rassemblement eu lieu au cours de 1908 et en 1911. En conséquence, l'Union Mondiale des Prieurés Autonomes et des Commandants Héréditaires fut enregistrée en conformité avec la Loi Américaine.

Le 6 Février 1954, le Grand Conseil des Prieurés Autonomes Unis élit comme Grand Maître le Commandant Héréditaire de la Commanderie de Svernik-Starolessve et de la Commanderie de Bean-Toulouse, R.H. & I.H. le Prince Nicolas de Ligny-Luxembourg de Lascaris Vintimille.

Une décision rendue par la Cour de Cassation Italienne, le 25 Juin 1955, sur requête adressée à la Cour, reconnaît R.H. & I.H. le prince Nicolas de Ligny-Luxembourg de Lascaris Vintimille, comme Prince Royal et Impérial de Chypre et de Jérusalem, comme chef de la dynastie des Ardennes-Lorraine, qui était le fondateur du Royaume de Jérusalem, comme héritier de tous les droits souverains de ladite Dynastie et en tant que protecteur et Grand Maître, "jus sanguinis, Magestatis et honorum", des Prieurés Autonomes Unis et des Commanderies Héréditaires de l'Ordre de Saint-Jean de Jérusalem, dit de Malte, avec tous les droits de la Dynastie, y compris le droit de conférer ou de déléguer l'attribution de titres de Chevalerie de cet Ordre, sans aucune limitation de l'utilisation des titres correspondant aux bénéficiaires.

Une décision de la Cour de Cassation Italienne, du 25 Juin 1955, faire une distinction claire entre l'Ordre Souverain Militaire de Malte, déclaré comme 'SMOM' et l'Union Mondiale des Prieurés Autonome Unis, en ces termes: "Evidemment, le Tribunal de Cardinaux avait l'intention de rendre une décision seulement sur la nouvelle Institution Papale et non sur l'Ordre Ancien représenté par tous les Prieurés, qui au lieu, après ladite décision, a décidé de procéder à la nomination de leur nouveau Grand Maître, et le 6 Février 1954 nominèrent pour cette dignité le Prince Nicolas de Ligny-Luxembourg di Lascaris de Vintimille, de l'ancienne Dynastie Ardennes-Lorena. "

Le 25 Juillet 1955, R.H. & I.H. le Prince Nicolas a signé le décret de la nouvelle Constitution.

Le 3 Août 1962, le Chancelier Héréditaire de l'Ordre Souverain de Chypre, Son Excellence le Comte Michael Paul Pierre De Valitch, fait allégeance au Grand Maître de l'Union des Prieurés Autonome Unis, R.H. & I.H. le Prince Nicolas.

Le 22 Février 1966, le déjà vieillissant Grand Maître R.H. & I.H. Prince Nicolas signa les Lettres Magistérielles protégeant la régulation du processus de succession et instituant le Grand Chancelier Héréditaire de l'Ordre souverain de Chypre, Son Excellence le Comte Michael Paul Pierre De Valitch comme Grand Maître Lieutenant Général de l'Union des Prieurés Autonomes Unies avec le droit de lui succéder.

En l'année 1968, Son Altesse Eminentissime Comte Michael Paul Pierre De Valitch, avec comme nom religieux Lorenzo, entra dans les Ordres et fut consacré Evêque de l'Eglise Orthodoxe Catholique Américaine, Juridiction de New York.

Le 3 Juillet 1977, le Prince La Chastre, le Grand Prieur Héréditaire du Prieuré de la Très Sainte Trinité de Villedieu, un membre éminent des Prieurés Autonomes Unis, a institué son Altesse Eminentissime Archevêque-Comte Lorenzo De Valitch comme Procureur Général Héréditaire du Grand Prieuré de Villedieu.

Le 18 Août 1977, Son Altesse Eminentissime Archevêque Comte Lorenzo De Valitch signa le transfert et l'institution du Siège Magistérielle des Prieurés Autonomes Unis dans la ville de New York. Le 23 Août 1977, le Procureur Général de l'État de New York, Louis J. Lefkowitz, donna son approbation Judiciaire à l'Union des Prieurés Autonome Unis sous le titre Anglais traduit comme: "Fédération des Prieurés Autonomes de l'Ordre de Saint- Jean de Jérusalem, Chevaliers de Malte" ("Federation of Autonomous Priories of the Order of St. John of Jerusalem, Knights of Malta").

À la même date, Son Honneur M. Alfred Ascione, juge de la Cour Suprême de l'État de New York, Premier District juridique, approuva cet acte.

Le 7 Avril 1992, Son Altesse Eminentissime Archevêque Lorenzo De Valitch, Archevêque Titulaire d'Ephèse, Prince Grand Maître de la "Fédération des Prieurés Autonomes de l'Ordre Souverain de Saint Jean de Jérusalem, Chevaliers de Malte", Grand Chancelier Héréditaires de "l'Ordre Souverain de Chypre", et Prieur Procureur Général Héréditaire du "Prieuré de la Très Sainte Trinité de Villedieu de l'Ordre Souverain de Saint Jean de Jérusalem, Chevaliers de Malte", victime d'une maladie de dysfonctionnement mental a été déclaré mentalement incapable par la Cour Suprême de New York, et placé sous la garde du Siège du Primat Métropolitain de l'Église Orthodoxe Catholique Américaine, Juridiction de New York.

En conformité avec les normes établies sur le Motu Proprio du 7 Avril 1968, de son Altesse Eminentissime Prince Archevêque Lorenzo De Valitch, qui réglementait que la succession du Grand Chancelier Héréditaire de l'Ordre souverain de Chypre soit transmise au Siège du Primat Métropolitain de l'Eglise Orthodoxe Catholique Américaine, Juridiction de New York, Son Altesse Eminentissime prince-archevêque Lorenzo De Valitch a été déchargé le 1er Octobre 1992, de Son Bureau de Grand Chancelier Héréditaire de l'Ordre souverain de Chypre par son successeur à juste titre, sa Béatitude Dom Lorenzo, O.S.B., Patriarche et Primat Métropolitain de l'Eglise Orthodoxe Catholique Américaine, Juridiction de New York.

Le 21 Janvier 1994, 'de Motu Proprio' et en conformité avec la Constitution du 3 Juillet 1977, du Prince La Chastre, qui établit que à la mort ou en cas de déficience mentale du Prieur Procureur Général Héréditaire du Prieuré de la Très Sainte Trinité de Villedieu de l'Ordre Souverain de Saint Jean de Jérusalem, la succession doit reposer sur le Siège du Primat Métropolitain de l'Église Orthodoxe Catholique Américaine, Juridiction de New York, Son Altesse Eminentissime Prince Archevêque Lorenzo De Valitch a été relevé de ses fonctions de Prieur Procureur Général Héréditaire du Prieuré de Villedieu par son successeur légitime, Sa Béatitude Dom Lorenzo, O.S.B., le Patriarche et Primat Métropolitain de l'Eglise Orthodoxe Catholique Américaine, Juridiction de New York.

Le 22 Janvier 1994, dans la ville de Naxxar, Malte, devant une grande assemblée de Chevaliers de la Fédération, Son Altesse Eminentissime Prince Archevêque Lorenzo De Valitch a été libéré de son Bureau de Prince Grand Maître de la Fédération des Prieurés Autonomes de l'Ordre Souverain de Saint Jean de Jérusalem, Chevaliers de Malte, par son successeur légitime, Sa Béatitude Dom Lorenzo, O.S.B., le Patriarche et Primat Métropolitain de l'Eglise Orthodoxe Catholique Américaine, Juridiction de New York.

Par respect et affection pour son prédécesseur, Son Altesse Eminentissime et Béatitude Dom Lorenzo, O.S.B. exprima le souhait d'utiliser "pro tempore" le titre de Régent de la Fédération, sans renoncer, entraver, diminuer ou affecter ses propres droits héréditaires, obligations, privilèges et prérogatives.

Le 24 Juin 1994, lors de la célébration de la fête de Saint Jean, son Altesse Eminentissime et Béatitude le Prince Régent, promulgua et signa le décret de l'ouverture d'un interrègne, pendant lequel la structure politique et hospitalière de l'Ordre doit être réévaluée afin d'être correctement mis à jour selon les besoins de l'époque et d'accélérer le retour de l'Ordre aux niveau de son héritage glorieux. À la même date et acte, S.A.E. le Prince Régent signa et proclama la Charte Constitutionnelle de la Fédération qui sera en vigueur pendant toute la durée de l'interrègne.

Par un acte public qui a eu lieu du 07 Décembre de l'année 2002, au cours d'une cérémonie dans la ville de Bologne, en Italie, Son Altesse Eminentissime et Béatitude Dom Lorenzo fit du Lieutenant Général de la Fédération, Comte Sir J. Cosmelli, Chevalier de Grand Collier et le déclara son cousin et Successeur Héréditaire de l'Ordre Souverain de Chypre et du Grand Prieuré de la Sainte Trinité de Villedieu.

Le 22 Octobre 2005, quelques années après le décès de S.A.E. Archevêque Prince De Valich, lors d'une cérémonie qui a eu lieu au Palais Royal de Gödölö, en Hongrie, Son Altesse Eminentissime et Béatitude Dom Lorenzo O.S.B. a été proclamé Prince Grand Maître de la Fédération. Dans la même journée et durant ladite cérémonie, Son Altesse Eminentissime proclama par décret Magistériel la fin de la période de l'interrègne.

Le 14 Novembre 2005, après une soudaine attaque, Son Altesse Eminentissime et Béatitude Dom Lorenzo O.S.B. décéda à l'hôpital de Saint-Vincent dans la ville de New York.

Conformément à la lettre Constitutionnelle de la Fédération, le 12 Février 2006, une réunion du Grand Conseil à des fins électorales, a eu lieu à Lisbonne, au Portugal, rassemblant tous ses membres. Son Excellence Comte Sir J.M. Cosmelli GCC, alors Lieutenant Général de la Fédération a été élu à l'unanimité pour succéder S.A.E. Dom Lorenzo OSB comme Prince Régent de la Fédération.

Le Nouveau Régent, Son Altesse le Prince Eminent Jose Cosmelli MCG, par Décret Magistériel du 01/06 du 20 Février 2006 nomma Comte Sir George Popper KGCM Lieutenant Général de la Fédération, lui concédant le Grand Collier de l'Ordre de Chypre, et ont tous deux commencé l'immense travail de réorganisation et de renouvèlement du Gouvernement de la Fédération, en tant qu'État, et aussi de la structure de l'Ordre Souverain. Le même jour, et par Décret Magistériel 01A/06, Son Altesse Eminentissime le Régent réactivait l'Ordre Souverain de Chypre, dit aussi de l'Epée et du Silence, l'un des Prieurés Fédérées de la Fédération, redonnant à cet Ordre son devoir historique et la fonction de contribuer à plus de Sécurité dans le Monde, accomplissant ainsi la Vocation Historique et Militaire des Chevaliers de Saint-Jean, également dit de Malte. Le grade Grand Chancelier Exécutif de l'Ordre de Chypre fut ensuite conféré à Son Excellence le Comte Sir George Popper GCC Lieutenant Général de la Fédération.

Le 16 Septembre 2006, en Hongrie, Son Altesse Eminentissime le Prince Régent, a nommé les premiers membres du Nouveau Conseil Œcuménique, étant représentés dans ce conseil plusieurs  églises et religions comme l'Église Catholique Romaine, les Chrétien Protestants, la Foi Juive et l'Église de la Vie Eternelle. Plus tard, un représentant de la Foi Musulmane fut nommé.

Le 15 Novembre 2007 dans la ville de Budapest, en Hongrie, une nouvelle réunion du Grand Conseil, eu lieu. Tous les membres du Grand Conseil ont été dûment convoqués conformément à la législation en vigueur et 93% de ses membres étaient présents. Le Grand Conseil a décidé de fusionner le Grand Conseil et le Conseil Magistériel en un seul corps sous le nom de Grand Conseil Magistériel avec la même composition étendu que l'actuel Grand Conseil.

Sur proposition de Son Excellence le Lieutenant Général, les membres du Grand Conseil ont également analysé les résultats des deux dernières années de la Régence et, à l'unanimité et sous les applaudissements, ont proclamé Son Altesse Eminentissime Prince José, le Régent, comme Grand Maître, ratifiant par cet acte les décisions prises lors de la réunion à des fins électorales du 12 Février 2006.

La Lettre Constitutionnelle de la Fédération donnée le 24 Juin 1994 en remplacement de l'ancienne, fut revue, actualisée et modifiée par les Décrets Magistériels Constitutionnels en 2007, 2008 et 2009.

Le prestige et la crédibilité croissante, à la fois comme un Ordre Souverain et en tant qu'Etat, ainsi que son travail humanitaire actif, le soutien au développement et à la culture, ainsi que ses activités de valeur pour la Santé et les Secours dans différentes parties du monde, amène plusieurs Ordres prestigieuses et Institutions à établir des relations amicales, à signer des accords d'amitié et de coopération, à adhérer à la Fédération en tant que membres affiliés - comme l'Ordo Hungariae, Ordre Historique Hongrois -, ou de travailler sous son patronage comme l'Horus de l'Ordre Spirituel de Malte.